Нерест красноперки обычно начинается в конце мая – начале июня, когда вода прогревается до 15 градусов. Приблизительно в эти же сроки он проходит и у линя с карасем. Перед этим красноперка приобретает более яркие цвета, однако ее внешние покровы практически не изменяются.
К подходящему месту красноперка движется стаями, причем сначала туда идут стаи самок, а следом за ними движутся стаи самцов. Каждая стая может насчитывать до нескольких сотен особей, и идут они по отдельности.
Крупная красноперка обычно уходит в заросли тростника и камыша, мелкая чаще всего мечет икру в водяном мху. Сам процесс проходит очень тихо и практически незаметно, красноперка почти не выпрыгивает на поверхность, только лишь изредка можно услышать слабые всплески. А порой вообще рыбу выдают только лишь легкие покачивание стеблей камыша.
Икра красноперки приклеивается к подводной растительности, ее количество достаточно велико и у взрослой особи может доходить до 100 тысяч. Однако все же значительная часть икринок зачастую становится добычей птиц и других рыб.
Появившаяся молодь красноперки все время укрывается в прибрежной траве, стараясь держаться солнечной стороны и находиться как можно ближе к поверхности. Растет она быстрыми темпами и уже через год достигает длины в 5-6 см, что, в общем, то является вполне нормальным, если учесть, что эта рыба невелика сама по себе. На рост и развитие молоди также большое влияние оказывают условия ее обитания.
Ближе к осени, когда водная растительность начинает увядать, красноперка уходит в камыши, там же проводя и вся зиму. Более крупные особи в этот период придерживаются глубоких мест и уже не показываются на поверхности.